Rastreio, identificação e caracterização genética de Acinetobacter spp. isolados de ambiente hospitalar

Abstract

Acinetobacter spp., especialmente A. baumannii é um patógeno oportunista que causa infecções relacionadas à assistência à saúde (IRAS) no mundo todo, com alta morbidade e mortalidade. Infecções causadas por A. baumanni multidroga resistente (MDR) têm aumentado e preocupado os hospitais na escolha da terapia adequada para esses pacientes. O mecanismo mais comum de resistência aos carbapenêmicos em A. baumannii é a degradação enzimática por carbapenemases, como as Beta-lactamases da classe A, Metalo-Beta-lactamase (MBL) e oxacilinases. Neste estudo foram identificados e caracterizados Acinetobacter spp. de um Hospital Universitário (HU-UFSC, Florianópolis/SC, Brasil), isolados entre março e setembro de 2015, coletados de profissionais da saúde, pacientes e superfícies de alto contato de cinco alas do hospital: emergência (EMG), Unidade de terapia intensiva (UTI), Centro cirúrgico (CC), Clínica cirúrgica (CR1) e Clínica médica I (CMI). A identificação e o TSA (Teste de suscetibilidade aos antimicrobianos) foram determinados pelo sistema automatizado (Vitek2®; bioMérieux). Espécies foram também identificadas por sequenciamento do 16S rDNA. A presença de 17 genes foi detectada por qPCR: blaOXA-51-like, blaOXA-58-like, blaOXA-23-like, blaOXA-72-like, blaOXA-143-like, blaOXA-48-like,blaIMP, blaVIM e blaSHV, blaKPC, blaSHV, blaNDM, blaGES, blaCTXM-1, blaCTXM-2, blaCTXM-8, blaCTXM-9. Das 1.430 amostras coletadas, obtivemos 575 isolados, dessas, 140 eram Acinetobacter spp. e 70,7% eram MDR (com 96,9% de resistência aos carbapenêmicos). A detecção dos genes de resistência mostrou que 73,5% das amostras foram positivas para OXA-23, 77,8% para OXA-51 e 2,1% para SHV e CTXM-8. Alguns isolados de Acinetobacter spp. com genes de resistência foram encontrados nas salas de lanches, passante, sala de repouso da enfermagem e nas mãos dos profissionais da saúde. Curiosamente, foram encontrados isolados sensíveis aos cabapenêmicos, mas com genes de resistência para carbapenemases (OXA-23). O teste rápido Blue-Carba, que detecta bactérias produtoras de carbapenemases, mostrou 100% de sensibilidade e especificidade quando comparado ao qPCR. Através do Rep-PCR, 23 perfis diferentes de bandas foram encontrados, quatro desses constituídos exclusivamente por isolados resistentes aos carbapenêmicos, tendo um perfil prevalente com 58 dos isolados (41%). A porcentagem de similaridade global dos 23 perfis foi de 70%. Esses resultados evidenciam alguns pontos críticos no hospital e mostram que uma detecção rápida das bactérias, com genes de resistência circulantes e dos perfis genéticos existentes no hospital, podem orientar condutas para a redução das taxas de IRAs. <br>

Abstract : Acinetobacter spp., particularly A. baumannii, is an opportunistic pathogen that causes healthcare-associated infections (HAI) worldwide with high morbidity and mortality. Infections by A. baumannii multidrug-resistant (MDR) have increased and worried hospital institutions to figure out the appropriate treatment for these patients. The most common mechanism of resistance to carbapenems in A. baumanii is enzymatic degradation by carbapenemases, such as Class A Beta-lactamases, Metallo-Beta-lactamase (MBL) and Oxacilinases. In this study, we identified and characterized Acinetobacter spp. from a University Hospital (HU-UFSC, Florianópolis/SC, Brazil) isolated in Mar-Sep-2015, from healthcare workers, patients and high-touch surfaces at 5 hospital units: Emergency (EMG), Intensive Care (ICU), Surgical Center (SC), Surgical Inpatient (SIU) and Medical Inpatient (MIU). The identification and the AST (antimicrobial susceptibility test) were determined by an automated method (Vitek2®; bioMérieux). Species were also identified by 16S rDNA sequencing. The presence of 17 resistance genes was tested by qPCR: blaOXA-51-like, blaOXA-58-like, blaOXA-23-like, blaOXA-72-like, blaOXA-143-like, blaOXA-48-like, blaIMP, blaVIM e blaSHV, blaKPC, blaSHV, blaNDM, blaGES, blaCTXM-1, blaCTXM-2, blaCTXM-8, blaCTXM-9. From the 1,430 samples collected, we obtained 575 strains, out of these, 140 were Acinetobacter spp. and 70.7% were MDR (being 96.9% of these resistant to carbapenems). The detection of resistance genes showed that 73.5% of strains were positive for OXA-23, 77.8% for OXA-51 e 2.1% para SHV e CTXM-8. Some of A. baumanni with resistance genes were found in the snack room, on a patient bed transfer board, nurse´s station and hands of healthcare workers. Interestingly, we found Acinetobacter spp. sensitive to carbapenems with carbapenem resistance genes (OXA-23). The rapid test Blue-Carba, which detects strains producing carbapenemases, showed 100% of sensitivity and specificity comparing to qPCR. Rep-PCR revealed 23 different profiles (four composed of strains resistant to carbapenems), being one prevalent with 58 isolates (41%). The global percentage of similarity of these profiles was of 70%. These results highlight some critical points found in the hospital and show that a rapid detection of strains with resistance genes and the genetic profiles circulating in the hospital, may contribute in the conduits for the reduction of hospital infection.