Proteínas que interagem com o RNA de Dengue vírus e sua expressão em pacientes com Dengue Clássica e Síndrome do Choque de Dengue

Abstract

Com a popularização de técnicas capazes de gerar dados em larga escala, é cada vez mais comum a existência dedados não analisados disponíveis em bancos de dados. O transcriptoma é uma forma de analisar a expressão gênica global em uma amostra. Essa técnica é amplamente utilizada para analisar os genes diferencialmente transcritos durante uma infecção. O vírus da Dengue (DV) pertence à família Flaviviridae e infecta por volta de 390 milhões de pessoas a cada ano. A replicação de DV é restringida pelos interferons do tipo um (IFN-I), mas os mecanismos que levam a essa inibição da replicação viral não são totalmente entendidos. Combinando proteômica quantitativa e precipitação de RNA definimos 64 proteínas que interagem com DV 1 e 4 UTR’s em células HEK tratadas com IFN-I. Nesse trabalho exploramos a expressão desses genes em transcriptomas de sangue total de pacientes Vietnamitas (GSE25001) e Tailandeses (GSE51808) disponíveis no Gene Expression Omnibus (GEO). Os pacientes foram estratificados de acordo com os sintomas que apresentavam, sendo eles: febre da dengue clássica (DF), dengue hemorrágica (DSS), convalescentes e controle saudável (HC). Desses genes selecionamos as proteínas ITLN1, NME1-NME2, TRUB1 ePSME1 para estudar seu perfil de expressão em resposta a infecção e sua função pela literatura, e escolhemos a SHMT1 e LSMA14A para um estudo em células A549. SHMT1 (serinametiltransferase 1) é uma enzima responsável por transformar serina e tetrahidrofolato em glicina e 5,10-metilenotetrahidrofolato no citoplasma. LSMA14A foi mostrada ser um sensor para infecções por vírus com genoma de RNA ou DNA.ITLN1, NME1-NME2, PSME1, SHMT1 E LSM14A são diferencialmente expressas entre HC e as duas condições infectadas (DF e DSS) enquanto TRUB1 apresentou diferença somente entre DSS e HC. ITLN1, NME1-NME2 e TRUB1 parecem estar suprimidos durante a infecção. A seguir testamos se a infecção por DV-4 era suficiente para induzir a expressão de SHMT1 e LSM14A in vitro. LSM14A, mas não SHMT1, foi induzido nessas condições. Em resumo, foram encontradas 25 proteínas que interagem com DV-4 no estado antiviral, dessas somente LSM14A foi induzida quando testada em células A549.