Caracterização genética das linhagens de Mycobacterium tuberculosis multirresistentes circulantes no estado de Santa Catarina nos anos de 2013 a 2017

Abstract

O estado de Santa Catarina apresenta uma taxa de incidência de tuberculose de 26,8 casos por 100 mil habitantes no período de 2010 a 2015. Entretanto, algumas regiões apresentam taxas maiores que a média nacional (>33,5/100 mil habitantes). Estudos anteriores realizados no estado de Santa Catarina mostraram predominância da família LAM circulante, inclusive em isolados resistentes, sendo essencial estudo de isolados para entender a dinâmica de transmissão de isolados multirresistentes no estado. Este estudo é uma parceria do Laboratório de Biologia Molecular Microbiologia e Sorologia (LBMMS/CCS/UFSC) com o Laboratório Central de Saúde Pública de Santa Catarina (LACEN/SC). O estudo incluiu isolados MDR do Estado de Santa Catarina no período avaliado (2013-2017), correspondendo a 63 isolados de Mycobacterium tuberculosis. A resistência simultânea à rifampicina e isoniazida, caracterizam a multirresitência. A epidemiologia molecular foi caracterizada pela análise combinada do spoligotyping e MIRU. Os 63 isolados foram classificados em 14 SITs, 13 subfamílias e quatro famílias, sendo que três isolados apresentaram perfil desconhecido e um isolado perfil Orphan (subfamília T2). A família LAM foi a mais prevalente (75%), seguida pela família T (14%), Harleem (5%) e EAI (2%). Quatro SITs (2263, 42,106 e 73) compreenderam 71% dos isolados, sendo todos correspondentes à família LAM (LAM9, LAM7 e LAM5); já a subfamília LAM9 foi responsável por 52% dos isolados. O dendrograma construído pela análise combinada do MIRU e spoligotyping identificou nove clusters (100% similaridade) e 13 GIR (Grupo de Infecção Recente) (90-99% de similaridade). O maior cluster foi formado por 18 isolados do SIT2263 (LAM9), o segundo maior formado por oito isolados do SIT106 (LAM7). Sendo que os maiores GIRs são formados por nove isolados da subfamília LAM7 e outro com 31 isolados da LAM9 e um T1, correspondendo a 52,3% do total de isolados (33/63). A classificação dos isolados manteve proporções semelhantes durante os quatro anos estudados. O trabalho foi fundamental para determinar os perfis epidemiológicos de Mycobacterium tuberculosis multirresistentes no estado de Santa Catarina, identificando a família LAM como principal família e como subfamílias LAM9 (SIT2263 e SIT42) e LAM7 (SIT106).

Santa Catarina State has a tuberculosis incidence rate of 26.8 cases per 100 thousand inhabitants. However, some regions have higher rates than the national average (>33.5/100 thousand inhabitants). Previous studies conducted in Santa Catarina State showed predominance of the LAM lineage circulating strains, including resistant isolates, being essential study of isolates to understand the transmission dynamics of multiresistant isolates in the state. This study is a partnership between the Laboratório de Biologia Molecular Microbiologia e Sorologia (LBMMS / CCS / UFSC) and the Laboratório Central de Saúde Pública de Santa Catarina (LACEN / SC). The study included MDR isolates from Santa Catarina State during the evaluated period (2013-2017), corresponding to 63 isolates of Mycobacterium tuberculosis. Simultaneous resistance to rifampicin and isoniazid characterizes multidrug-resistance. Molecular epidemiology was characterized by the combined analysis of spoligotyping and MIRU. The 63 isolates were classified into 14 SITs, 13 sublineages and four lineages, and three isolates had unknown profile and one isolate Orphan profile (sublineage T2). The LAM lineage was the most prevalent (75%), followed by the T superfamily (14%), Harleem (5%) and EAI (2%). Four SITs (2263, 42,106 and 73) comprehended 71% of isolates, all corresponding to the LAM lineage (LAM9, LAM7 and LAM5); The LAM9 sublineage was responsible for 52% of isolates. The dendrogram constructed by the combined analysis of MIRU and spoligotyping identified nine clusters (100% similarity) and 13 Recent Infection Group (GIR) (90-99% similarity). The largest cluster consisted of 18 isolates from SIT2263 (LAM9), the second largest consisting of eight isolates from SIT106 (LAM7). The largest GIRs consisted of nine isolates of the LAM7 sublineage and one with 31 isolates of LAM9 and one T1, corresponding to 52.3% of the total isolates (33/63). The isolates classification maintained similar proportions during the four years studied. The work was fundamental to determine the epidemiological profiles of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Santa Catarina State, identifying the LAM lineage as the main family and as sublineages LAM9 (SIT2263 and SIT42) and LAM7 (SIT106).