Eventos climáticos globais deverão afetar mais a biodiversidade em montanhas do que aquelas que estão ao nível do mar. Estudos com comunidades de plantas e animais que ocorrem em áreas montanhosas de regiões tropicais e subtropicais são ainda pouco conhecidos. O Parque Nacional de São Joaquim é uma das poucas Unidades de Conservação brasileira localizada em uma região montanhosa e esta no limite sul de distribuição da mata atlântica brasileira, com áreas representativas de Araucárias, matas nebulares e campos de altitude. Essa paisagem fornece uma oportunidade única para o desenvolvimento de estudos para a compreensão de processos e padrões geradores, mantenedores e impactantes da Biodiversidade da Mata Atlântica. O objetivo principal deste projeto é instalar módulos de parcelas permanentes no Parque Nacional de São Joaquim para avaliar e monitorar a fauna (formigas, insetos herbívoros, anfíbios e mamíferos terrestres não voadores) e a flora (riqueza e composição de espécies arbóreas e etnobotânica) a curto, médio e longo prazo. Em cada uma das três fitofisionomias predominantes no Parque será instalado um módulo de 5 Km². O módulo será composto por duas trilhas no sentido Leste-Oeste e seis trilhas no sentido Norte-Sul. A cada 1 km será instalada uma parcela permanente de 250m de comprimento com largura variável de acordo com cada grupo biológico envolvido. Independente da largura das parcelas, todas serão instaladas acompanhando a cota do terreno. A altitude do terreno será determinada por uma equipe de topografia que medirá a altitude no início de cada parcela usando uma estação total de GPS, sendo obedecida a curva de nível do terreno, assim a altitude se manterá constante ao longo de toda a parcela. Nestas parcelas, os grupos biológicos serão avaliados e monitorados de acordo com os protocolo desenvolvido pelo PPBio (disponível em: http://ppbio.inpa.gov.br/Port/docsinternos/protocolos/), fazendo as devidas adequações para realidade local. Aqueles grupos biológicos cujos protocolos não estão disponíveis, buscaremos fomentar reuniões técnicas entre os pesquisadores do projeto e seus pares em outras instituição para garantir a qualidade dos dados. Com isso pretendemos consolidar um programa de pesquisa em biodiversidade baseado em conhecimento científico capaz de gerar informações, produtos ou processos importantes para a conservação da biodiversidade dessa Unidade de Conservação.