Genômica comparativa de sorovares de Leptospira interrogans com enfoque na predição de fatores de virulência

Abstract

Leptospira interrogans é uma espiroqueta e uma das bactérias causadoras da leptospirose, uma doença de suma importância devido a sua distribuição mundial. Sendo o sorovar Copenhageni o principal causador de leptospirose humana no Brasil. A capacidade de L. interrogans evadir do sistema imune está intimamente associada à presença de fatores de virulência. Este estudo propõe caracterizar o pangenoma de L. interrogans. Utilizando para isso a análise de 21 genomas depositados no NCBI, que foram agrupados em grupos ortólogos através do programa OrthoFinder. O pangenoma de L. interrogans é composto por 6.710 genes, sendo o genoma central composto por 2.890 genes, e o genoma acessório é composto por 3.820 genes, com 2.326 genes sendo genes únicos a apenas uma cepa. Tal estudo também permite inferir a função de genes de outras cepas não anotados através da comparação com a função de seus ortólogos anotados. Foi possível identificar 28 genes que são possíveis fatores de virulência. Ainda são necessários mais estudos para elucidar como se dá o transcriptoma dos sv. de L. interrogans para que seja possível fazer maiores inferências. Por se tratar de um estudo in silico, é necessário ainda estudos in vivo e in vitro para a confirmação das possibilidades aqui levantadas.

Abstract: Leptospira interrogans is a spirochaeta and one of the bacteria responsible for leptospirosis, a disease of extreme importance because of its global distribution. The serovar Copenhageni being the principal pathogen causing human leptospirosis in Brazil. L. interrogan?s capacity of evading the immune system is closely linked to the presence of virulence factors. This work proposes to characterize the pangenome of L. interrogans. Utilizing for that an analysis of 21 genomes deposited on NCBI, that were clustered in orthologous groups by the software OrthoFinder. The pangenome is composed of 6.710 genes, with the core genome being composed of 2.890 genes, and the accessory genome being composed of 3.820 genes, with 2.326 genes being genes unique to only one strain. This study also allows us to infer the genes function not annotated of other strains by comparison with the function of annotated orthologues. It was possible to identify 28 genes that are possible virulence factors. It?s still necessary for many studies to elucidate the transcriptome of L. interrogans? sv. to be able to make more inferences. As this is an in silico study, it?s necessary yet in vivo and in vitro studies to confirm any possibility rouse here.