Análise de dados de transcriptoma de pacientes com leucemia aguda de fenótipo misto

Abstract

A Leucemia Aguda de Fenótipo Misto representa uma classe de leucemias altamente heterogêneas e de difícil tratamento. Portanto, uma melhor compreensão dos programas de expressão gênicos alterados em células leucêmicas com relação aos tipos celulares correspondentes na medula óssea saudável pode levar a uma melhor compreensão da patofisiologia da doença. Neste trabalho, foram reanalizados dados publicamente disponíveis da medula óssea e amostras provenientes de amostras leucêmicas com o intuito de determinar a similaridade molecular ou diferenças transcricionais entre as células leucêmicas e saudáveis. Utilizando o software FUSCA e o algoritmos Harmony e Symphony, foi elaborado um atlas de referência que representa a diversidade celular da medula óssea saudável. Então, as células leucêmicas foram mapeadas para este atlas de referência utilizando o algoritmo Symphony, ou classificadas utilizando o algoritmo singleCellNet, levando a conclusão que a uma fração substancial das células leucêmicas são transcricionalmente similares às células-tronco e progenitoras sanguíneas, consistente com a possibilidade de diferenciação multilinhagem das células leucêmicas e explicando, ao menos parcialmente, o fenótipo mielóide/linfóide misto desta classe de leucemias.

Mixed-phenotype acute leukemia represents a class of highly heterogeneous and difficult to treat leukemias. Therefore, a better understanding of altered gene expression programs in leukemic cells relative to the corresponding cell types in healthy bone marrow may lead to a better understanding of the pathophysiology of the disease. In this work, publicly available data from bone marrow and samples from leukemic samples were reanalyzed in order to determine molecular similarity or transcriptional differences between leukemic and healthy cells. Using the FUSCA and Symphony algorithms, a reference atlas was created that represents the cellular diversity of healthy bone marrow. Then, the leukemic cells were mapped to this reference atlas using the Symphony algorithm, or classified using the singleCellNet algorithm, leading to the conclusion that a substantial fraction of the leukemic cells are transcriptionally similar to blood stem and progenitor cells, consistent with the possibility of multilineage differentiation of leukemic cells and explaining, at least partially, the myeloid/mixed lymphoid phenotype of this class of leukemias.