IMPUTAÇÃO UTILIZANDO PAINÉIS PERSONALIZADOS EM BOVINOS DA RAÇA CANCHIM

Abstract

Para adequada resposta à seleção genômica, torna-se necessário obter grande quantidade de animais genotipados com muitos SNPs e a utilização de todos os animais da população genotipados com painéis de alta densidade ainda exige custo elevado. Dessa maneira, genotipar animais candidatos jovens com painéis de menor custo, como os de baixa densidade e então, realizar a imputação dos marcadores não conhecidos utilizando a informação de uma população referência genotipada com painéis de alta densidade, tornou-se uma alternativa para redução de custos para aplicação desta tecnologia. Para raças em que a população não é grande o suficiente, há indisponibilidade de grande quantidade de animais genotipados com alta densidade. Além disso, os painéis de baixa densidade comerciais, podem não favorecer a imputação para painéis de alta densidade comerciais. Dessa maneira, o objetivo deste estudo foi comparar a acurácia de imputação utilizando painéis comerciais de baixa densidade e diferentes painéis personalizados de baixa densidade para um painel de alta densidade comercial, além de verificar a acurácia ao incorporar genótipos de uma das raças fundadoras na população referência para imputação em animais da raça Canchim. Foram utilizados 801 animais Nelore e 396 animais Canchim e MA (resultante do cruzamento entre o grupo genético A e animais Charolês, sendo o grupo genético A resultante do cruzamento entre animais Canchim e Nelore) em 16 diferentes cenários, em que a população de animais referência é a população de animais que foram mantidos todos os SNPs do painel de alta densidade. Os demais animais da população tiveram seus SNPs “escondidos” com a finalidade de mimetizar que estes animais foram genotipados com painéis comerciais de baixa densidade contendo 20 mil SNPs (19.263k) ou 50 mil SNPs (26.342k), e considerou-se também 3 painéis personalizados, em que a partir do painel de 700k dos animais da raça Canchim e grupo MA, foram escolhidos diferentes SNPs formando painéis contendo a mesma quantidade de SNPs dos painéis comerciais de baixa densidade, ou seja, 19.263 (20k) e 26.342 SNPs (50k). A acurácia de imputação teve valores superiores nos painéis personalizados quando comparados com os comerciais e também, conforme a densidade dos painéis eram maiores, as acurácias tiveram seu valor aumentado. Houve pequena diferença entre os painéis personalizado 1 e o personalizado 2 e 3, indicando que a maneira como o painel é construído interfere nas acurácias de imputação. Apesar de ter sido observada acurácias moderadas, utilizar raças fundadoras na população referência pode ser uma alternativa para raças em que a população não é grande o suficiente.