New genetic markers and gene flow analysis shed light into Pseudotrimezia incongruence

Abstract

Apesar dos avanços da sistemática molecular, alguns clados diversos de radiação recente ainda apresentam desafios quanto à reconstrução das relações de parentesco pela predominância de complexas dinâmicas de fluxo gênico entre espécies distintas, como coalescência e reticulação. Este é o caso do clado Pseudotrimezia da tribo Trimezieae (Iridaceae). Este clado é majoritariamente endêmico do campo rupestre, uma região de afloramentos rochosos do leste do Brasil, rica em espécies. Estudos prévios demonstraram a presença de incongruência entre marcadores genômicos nucleares e cloroplastidiais neste clado, e foram incapazes de recuperar uma filogenia com alta resolução para o grupo. Neste trabalho, utilizei uma nova matriz de marcadores do tipo RAD para melhorar a resolução da filogenia existente para o grupo e investigar a incongruência encontrada a partir de análises de fluxo gênico, que indicaram índices significativos de reticulação. Esta análise, unida à distribuição geográfica dos espécimes, indicou eventos frequentes de hibridização dentro do grupo.

Abstract: Even considering recent advancements in molecular systematics, some recently diverged clades still pose challenges to phylogenetic reconstruction because of the prevalence of complex gene tree dynamics such as deep coalescence and reticulation. This is the case for the clade Pseudotrimezia from the tribe Trimezieae (Iridaceae). This clade is mostly endemic to the campo rupestre, a rocky outcrop region of eastern Brazil, which is species rich. Previous studies showed a presence of incongruence between nuclear genomic markers and chloroplast markers in this clade and were unable to recover a phylogeny with high resolution for the group. A new dataset of RAD-seq genetic markers was used to improve the existing phylogeny resolution of the group and probe into the incongruence found through gene flow analysis, which indicated significant signals of reticulation. These analyses, compared to the geographical distribution of the specimens, indicated frequent events of hybridization in the group.