Citometria de fluxo e prospecção in silico de marcadores SSR de Plinia edulis (Vell.) Sobral (Myrtaceae)

Abstract

Este trabalho analisou o tamanho do genoma de Plinia edulis (Vell.) Sobral, conhecido como cambucá, utilizando citometria de fluxo, e validou in silico marcadores moleculares. Para isso, foram realizados testes de citometria de fluxo visando à caracterização do valor 2C e, paralelamente, uma comparação entre softwares de análise de dados, buscando identificar uma alternativa gratuita e eficiente. Além disso, foram realizadas prospecções de marcadores moleculares SSR com o auxílio de diferentes softwares e caracterizações via BLASTn. Os resultados da citometria de fluxo não puderam ser concluídos devido à manutenção do equipamento e à ausência de um padrão interno mais adequado para P. edulis. Entre os softwares analisados, Flowing Software 2.5.1 e MACSQuantify™ Software 3.0.2 destacaram-se como as ferramentas mais eficientes, embora o último apresente uma interface de difícil utilização. Quanto aos marcadores, foram desenvolvidos 17 marcadores moleculares promissores, a maioria correlacionada com mRNA e com tamanhos adequados, oferecendo novas ferramentas para estudos genéticos de Myrtaceae. Apesar das limitações técnicas, este joga luz sobre lacunas de conhecimento e demonstrando o potencial da integração de abordagens biotecnológicas e experimentais para o entendimento da biodiversidade.

This study analyzed the genome size of Plinia edulis (Vell.) Sobral, also known as cambucá, using flow cytometry and validated molecular markers in silico. For this purpose, flow cytometry tests were performed to characterize the 2C Value and, in parallel, a comparison between data analysis software programs was performed, seeking to identify a free and efficient alternative. In addition, prospecting for SSR molecular markers through different softwares and characterizations via BLASTn were performed. The flow cytometry results could not be concluded due to equipment maintenance and the absence of a more suitable internal standard for P. edulis. Among the software programs analyzed, Flowing Software 2.5.1 and MACSQuantify™ Software 3.0.2 stood out as the most efficient tools, although the latter has a difficult-to-use interface. Regarding the markers, 17 promising molecular markers were developed, most of them correlated with mRNA and with adequate sizes, offering new tools for genetic studies of Myrtaceae. Despite technical limitations, this sheds light on knowledge gaps and demonstrates the potential of integrating biotechnological and experimental approaches for understanding biodiversity.