Análise do viroma ambiental em amostras de dejetos suínos provenientes de granjas do oeste de Santa Catarina

Abstract

Os vírus constituem um dos grupos mais diversos e abundantes de entidades biológicas na biosfera, sendo os bacteriofagos representantes de grande parte da diversidade e abundância genômica desse grupo. Os bacteriófagos estão presentes em praticamente todos os ambientes e são altamente variados em sua estrutura morfológica e genômica. Por sua diversidade, importância biotecnológica e impacto na saúde humana, animal e ambiental, os fagos são alvo de grande interesse na ciência. Apesar desse interesse, boa parte da diversidade viral ainda permanece inexplorada devido às dificuldades apresentadas pelos métodos laboratoriais de cultivo e estudos convencionais desses organismos. A análise de metagenoma apresenta-se como uma via alternativa para o estudo das partículas virais, sem a necessidade de cultivo em laboratório ou identificação prévia de hospedeiros. O estudo dos viromas é uma abordagem interessante para a compreensão das populações virais, servindo para a análise, identificação e classificação dos genes e agentes virais presentes em um determinada amostra. Além disso, mostra-se como uma ferramenta eficiente para a vigilância genômica e compreensão dos agentes virais ainda não identificados, os quais compõem a maioria das sequências encontradas no ambiente. O oeste de Santa Catarina é conhecido por uma economia fortemente agropecuária, sendo a sua produção de suínos a maior do país, representando 54,8% da quantidade total de exportações dessa carne no país. Por isso, a compreensão do ambiente e dos microorganismos que ocorrem nele se faz necessária para a identificação dos possíveis riscos associados à produção, especialmente aqueles relacionados com agentes virais que podem gerar prejuízos econômicos, ou então, aqueles responsáveis por causar alguma enfermidade ao ser humano ou outro animal.

Viruses are among the most diverse and abundant groups of biological entities in the biosphere, with bacteriophages representing a significant portion of their genomic diversity and abundance. Bacteriophages are present in virtually all environments and exhibit high variability in both morphological structures and genomic compositions. Due to their diversity, biotechnological potential, and impact on human, animal, and environmental health, phages have become a subject of great scientific interest. Despite this, much of the viral diversity remains unexplored, mainly due to the limitations of traditional laboratory culture methods and conventional approaches. Metagenomic analysis has emerged as an alternative strategy for studying viral particles, eliminating the need for laboratory cultivation or prior identification of hosts. Virome studies provide valuable insights into viral populations, enabling the analysis, identification, and classification of genes and viral agents present in a given environment. Moreover, metagenomics serves as an effective tool for genomic surveillance and for uncovering unknown viral agents, which represent the majority of sequences detected in environmental samples. The western region of Santa Catarina, Brazil, is known for its strong livestock-based economy, with swine production being one of the largest in the country, accounting for 54.8% of the total pork export volume. Therefore, understanding the local environment and its microbial communities is essential for identifying potential risks associated with production4particularly those related to viral agents that may cause economic losses or pose threats to human and animal health.